Die AÖK ist ein Motor der ökumenischen Bewegung. Sie will die Erneuerungsbestrebungen und die Suche nach der sichtbaren Einheit der Kirche Jesu Christi lebendig und gemeindenah gestalten und aktiv unterstützen.
Die AÖK wurde 1969 als Gemeinschaft aus freien ökumenischen Gruppen und Kreisen gegründet, die in den verschiedenen christlichen Konfessionen beheimatet sind. Bereits vor diesem Zeitpunkt hatten sich freie ökumenische Gruppen gebildet, die in loser Form neben- und miteinander ökumenisch wirkten. Dabei stand der Erfahrungs-austausch im Mittelpunkt.
Außerdem fanden gemeinsame Gespräche zu aktuellen Fragen der ökumenischen Theologie statt.
Das Ökumenische Pfingsttreffen 1971 in Augsburg war ein weiterer Meilenstein zu einem organisierten Zusammenschluss der AÖK. Dieses bewegende Großereignis kennzeichnete die Aufbruchstimmung dieser Jahre. Besondere Bedeutung gewann das „Forum der ausgelassenen Fragen“, das auch die Frage nach dem gemeinsamen
Herrenmahl und die Gleichstellung der konfessionsverschiedenen Ehen thematisierte. Wichtige Erfahrungen und Impulse wurden durch den 1938 gegründeten Arbeits- und Freundeskreis „UNA SANCTA München“ eingebracht, der
auch das „Forum der ausgelassenen Fragen“ wesentlich mit vorbereitete. Seit 1982 ist die AÖK offiziell ständiger Beobachter in der Bundes-ACK („Arbeitsgemeinschaft Christlicher Kirchen“). Ein weiterer notwendiger Schritt war die Gründung des eingetragenen Vereins 1990 und die Zuerkennung des Beobachterstatus auch in der gesamtdeutschen ACK nach der Wiedervereinigung. 1994 wurde die internationale Zusammenarbeit über die IEF (International Ecumenical Fellowship) begonnen. 1999 wurde das „Netzwerk für konfessionsverbindende Paare und Familien“
gegründet, für das die AÖK die Trägerschaft übernommen hat.